En 1904, les lois contre les congrégations religieuses enseignantes entraînent l’expulsion des frères qui se réfugient en Espagne ( Val d’Aran et Irun ). Une grande partie des bâtiments est désaffectée. Reste une petite communauté de frères âgés en charge de l’entretien des bâtiments, du parc et des jardins.

Devant l’afflux de blessés de guerre, le conseil municipal de la ville de Pibrac dans sa séance du 4 octobre 1914 propose l’utilisation des locaux disponibles dans l’Etablissement de l’Institut comme hôpital temporaire.

L’Institut favorable à cet acte humanitaire, donne son accord pour l’utilisation des locaux désaffectés.Des aménagements nécessaires sont rapidement entrepris pour recevoir dignement une cinquantaine de blessés qui viennent soulager leurs souffrances physiques et morales. La population de Pibrac participe en fournissant des dons et du linge.

Cet hôpital temporaire, est transformé le 1er février 1915 en hôpital de convalescence pour les combattants musulmans. En 1918, cinq tirailleurs musulmans y décèdent et sont enterrés dans le cimetière de Pibrac.

L’Etablissement paya aussi un lourd tribut à la grande guerre : 17 de ses membres sont morts pour la France.