Les locaux devenant insuffisants, il est fait appel à Mr Eugène Curvale , architecte de la ville de Toulouse pour dresser les plans d’une extension comprenant des salles de cours, des réfectoires, des classes et un préau pour l’Ecole libre de garçons, ainsi qu’une chapelle pouvant accueillir plusieurs centaines de personnes.

Le 14 août 1899, pose de la première brique des fondations de la chapelle.

Le 10 octobre 1900, Monseigneur Germain archevêque de Toulouse, procède à la bénédiction de la chapelle en cours de construction sous le vocable de Saint Jean Baptiste de la Salle, l’année de sa canonisation par le pape Léon XIII. Le procès verbal de la cérémonie écrit sur un parchemin enfermé dans un tube de plomb, est scellé dans une pierre encastrée dans le mur derrière le maître-autel.

En août 1901, achèvement des travaux de la nouvelle chapelle, un édifice de pur style roman, le plein cintre règne dans tout le corps du bâtiment, dont l’intérieur tout en blancheur est éclairé par des vitraux réalisés par Gustave Pierre Dagrand peintre-verrier à Bordeaux.

Deux chapelles s’ouvrent dans le haut de la nef : celle de la Sainte Famille et celle de Sainte Germaine. Le chemin de croix en stuc moulé, œuvre d’un artisan toulousain ne sera entièrement terminé qu’en mars 1902.

Le 31 août 1901, Monseigneur Germain archevêque de Toulouse, assisté d’un nombreux clergé, procède à la bénédiction solennelle de la nouvelle chapelle, première qui dans l’Institut ait été dédiée à Saint Jean Baptiste de la Salle. le Révérend Père Dom Candide Père Abbé de Sainte Marie du Désert célèbre pontificalement la première messe.

Plus de 400 frères assistent à la cérémonie, ainsi qu’une foule nombreuse dont le maire Albert Galli, Mr de Laportalière, Mr le Comte de Pibrac, le clergé de Pibrac, les curés des communes voisines, des religieux de différents ordres, des directeurs de l’Institut.